Panorama XIII-wiecznych Czech. Epoka, w której nienawiść jest żarliwsza od wiary. Wioski pogan wciąż stawiają opór chrześcijańskiej sile. Podróżni ryzykują życie, zapuszczając się na odległe trakty, a lokalni watażkowie o łupy rywalizują z wilkami. Zakładniczką tego świata jest tytułowa Małgorzata, dziewczyna ulepiona z innej gliny. Wrażliwa i niewinna, w milczeniu przygląda się otaczającej brutalności. Schronienie ma znaleźć w klasztorze, ale pewnego dnia trafi do niewoli.

Oparta na powieści Vladislava Vančury „Małgorzata, córka Łazarza” to opus magnum Františka Vláčila, podsumowanie jego poszukiwań filozoficznych i estetycznych oraz świadectwo twórczej wolności. Reżyser poświęcił swojemu dziełu trzy lata życia, a sama praca na planie zdjęciowym trwała ponad 500 dni. W efekcie powstał niezwykły fresk historyczny – Vláčil odszedł od fabularnej czytelności na rzecz narracji impresyjnej i nielinearnej, która może przywodzić skojarzenia z dokonaniami Tarkowskiego czy Paradżanowa.